На факультеті існують наукові школи як генетичного, так і комунікативного типу.
Школа істориків Північного Причорномор’я античної доби. Витоки т.зв. «харківської школи античників» можна починати з ХІХ ст. У нашому університеті працювали видатні вчені античники: Кронеберг, Бузескул, Нетушил. Важливо відзначити, що зв'язок поколінь в цьому науковому напрямі ніколи не переривався. Але у даному випадку йдеться про школу істориків Північного Причорномор’я в античну добу (засновник проф. К. Е. Гриневич, сучасний лідер-учитель проф. В. І. Кадєєв, представники школи – проф. І. П. Сєргєєв, проф. С. Б. Сорочан, проф. В. Ф. Мещеряков, доц. В. О. Латишева, доц. О. П. Мартем’янов, доц. С. В. Дячков, доц. О. А. Ручинська). В активі цієї школи – 14 захищених дисертацій (у тому числі 3 докторські; одна із кандидатських – громадянка Болгарії С. Монева), більше 10 виданих монографій, функціонування Херсонеської наукової експедиції, створення Харківського історико-археологічного товариства та часопису «Старожитності».
Школа дослідників історії України, передусім соціально-економічної історії – аграрників (засновник проф. І. К. Рибалка – він же перший завідувач кафедри історії України ХДУ, завідував 32 роки, під його керівництвом було захищено 10 докторських та понад 30 кандидатських дисертацій); представники – проф. Б. К. Мигаль, проф. В. В. Калініченко (теперішній завідувач кафедри – учень Рибалки; під його керівництвом захищено 3 докторських та 17 кандидатських дисертацій), також до цієї школи, в деяких випадках умовно, можна віднести проф. В. В. Кравченко, проф. С. О. Наумова, проф. В. В. Лантуха, проф. Ю. П. Волосника, доц. В. С. Майстренка, доц. В. О. Кулікова). Здобутки: лише з 1991 р. було надруковано більше 10 монографій та 4 підручники. Проф. Рибалка, а тепер проф. Калініченко очолює Спеціалізовану раду із захисту докторських дисертацій: це дієвий інструмент поповнення складу школи.
Школа археологів Лівобережної України (засновник проф. Б. А. Шрамко, представники школи – проф. В. К. Міхеєв, доц. Ю. В. Буйнов, доц. В. В. Скирда, доц. І. Б. Шрамко). Свою докторську дисертацію Б. А. Шрамко захистив у 1966 р. Протягом 3-х десятиріч керував Сіверо-Донецькою та Скіфро-словянською археологічними експедиціями: вінець досліджень – розкопки найбільшого городища Європи - Бєльського городища (50 тис кв. метрів культурного шару). Безпосередньо під його керівництвом було захищено 1 докторська та 7 кандидатських дисертацій, але коло тих, хто вважає його вчителем – ширше. Значною мірою зусиллями представників школи створено Музей археології та етнографії Слобідської України Харківського університету.
Школа болгаристів. Колись вона була генетичною («класичною»). Її створив проф. С. І. Сидельников, а продовжив його справу проф. Г. М. Попов. Але з певного часу ця школа перейшла до типу комунікативних («сучасних» / «структурних»).
Взагалі, у цьому плані слід згадати про те, що у дореволюційний період існувала харківська школа славістів. За підрахунками петербурзького дослідника проф. С. В. Смірнова, в XIX – на початку XX ст. Харківський університет підготував 18 спеціалістів вищої кваліфікації в галузі славістики (в тому числі 13 професорів, 2 академіки, 5 членів-кореспондентів АН). З них Ізмаїл Срезневський та Віктор Григорович заклали основи школи славістів в Петербурзі, Казані та Одесі. На жаль, у 1917 р. розвиток славістики в Харківському університеті було перервано: провідні професори-славісти С. М. Кульбакін та А. Л. Погодін емігрували до Югославії. Створення школи болгаристів пов’язано із іменами професорів др. пол. ХХ ст. – Сідельникова, Попова та Чернявського. Результат діяльності цієї школи – 6 монографій, 3 докторських та 15 кандидатських дисертацій. Не дивно, що саме у Харкові відбувалися загальносоюзні наукові конференції з славістики та болгаристики. Тоді ж було встановлено щільні зв’язки з Болгарією, а наш університет був нагороджений болгарським орденом Св. Кирила та Мефодія. Але, на жаль, передчасна смерть Г. М. Попова та від’їзд до США Г. Й. Чернявського, по суті, знаменували закінчення існування цієї школи в класичному розумінні.
Новий етап розвитку історичної болгаристики розпочався з 2005 р., коли було створено Центр болгаристики та балканських досліджень імені М. Дринова (директор доц. С. Ю. Страшнюк). Чимало вчених, і не тільки факультету, працюють над програмами Центру. До складу наукової ради, яку очолює проф. М. Г. Станчев, входять 10 докторів наук та 15 кандидатів наук. Школа має реальні здобутки: Центр провів 4 міжнародних наукових конференцій (в т.ч. 2 Дриновських читань), з 2007 р. в Центрі відбуваються щоквартальні наукові семінари, видається «Дриновський збірник» – орган комісії істориків Україна – Болгарія (вийшов 3-й том), за останні 4 роки болгаристи опублікували 4 монографії, на високому рівні ведеться співробітництво з болгарськими науковими та освітніми установами (заключні договори, створені творчі групи, виконуються спільні проекти, проходять стажування викладачі та студенти), налагоджена взаємодія з Харківським товариством болгарської культури ім. М. Дринова. За розвиток історичної болгаристики наш університет у 2005 р. був нагороджений вищою нагородою БАН – золотою медаллю імені М. Дринова.
Школа історіографів. Витоки цієї школи пов’язані із іменами акад. Д. І. Багалія та В. П. Бузескула, які заклали наукові основи викладання та вивчення історіографії в Харківському університеті. У 1964 р. за ініціативи відомого історіографа В. І. Астахова було створено першу в Україні університетську кафедру історіографії. З того часу почали закладатися основи школи. Справу проф. В. І. Астахова продовжили проф. І. Л. Шерман та проф. Ю. Й. Журавський. Сучасна школа (комунікативного типу) вийшла з кафедрального наукового напрямку «Історія та теорія історичної освіти та науки». З початку 1990-х років позначилася претензія на створення харківського історіографічного наукового центру, як неформального об’єднання вчених-історіографів. На сьогодні можна сказати, що таке завдання виконано. Проведено десять «Астаховських читань» (проводяться раз на два роки), вийшло друком 9 випусків «Харківського історіографічного збірника», у складі редколегії якого та серед авторів чимало відомих вчених історіографів не лише Харкова та України (відп. ред. – проф. С. І. Посохов). Авторський колектив підготував «Історіографічний словник», який набув грифу МОН в якості посібника для історичних факультетів України.